De Prof. dr. S. Greijdanusschool is een gereformeerde basisschool. In 1954 hebben ouders uit de Gereformeerde Kerken, die zijn ontstaan uit de Vrijmaking in 1944, een schoolvereniging opgericht. In 1960 startten zij een gereformeerd vrijgemaakte school, die de naam Prof. dr. S. Greijdanusschool kreeg.

Met deze naam wilden de ouders aangeven dat zij in het spoor verder wilden gaan van S. Greijdanus, een theoloog aan de Theologische Hogeschool  in Kampen, die van veel betekenis is geweest voor de Vrijmaking. De school is nauw verbonden aan de Gereformeerde kerken (vrijgemaakt) te Anna Paulowna en Den Helder.

Op 1 januari 1998 is de schoolvereniging gefuseerd met drie andere gereformeerde schoolverenigingen uit Noord-Holland. Samen vormen zij de Vereniging voor Gereformeerd Primair onderwijs in Noord-Holland Noord gevestigd in Alkmaar.  

De grondslag van de schoolvereniging is de Bijbel, samengevat in de drie Formulieren van Eenheid. Leden van de Gereformeerde Kerk (Vrijgemaakt) en de Christelijke Gereformeerde Kerken kunnen lid worden van de schoolvereniging. Uit de leden wordt een bestuur gekozen. Dit centrale bestuur is het bevoegd gezag van de schoolvereniging. De vereniging heeft 4 afdelingen die elk een afdelingsbestuur hebben. De leden van het afdelingsbestuur vormen de algemene vergadering.

Ouders die geen lid zijn van de Gereformeerde kerk (Vrijgemaakt)of van de Christelijke Gereformeerde Kerken maar hun kind(eren) toch naar onze school willen laten gaan, omdat ze gereformeerd onderwijs voor hun kind(eren) wensen, kunnen dat kenbaar maken aan het afdelingsbestuur van de school. Zij moeten de grondslag van de school onderschrijven. Na een gesprek met enkele bestuursleden beslist het afdelingsbestuur over toelating. Deze ouders kunnen echter geen lid worden van de schoolvereniging.